Para hacer una limpieza de Magento en cuestión de los logs almacenado hay tres maneras: desde el panel de administración, desde consola con log.php que puedes añadir al cron para que vaya limpiando por su cuenta, o como vamos a explicar a continuación, vaciando unas tablas determinadas de la base de datos:

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dataflow_batch_export
dataflow_batch_import
log_customer
log_quote
log_summary
log_summary_type
log_url
log_url_info
log_visitor
log_visitor_info
log_visitor_online
report_viewed_product_index
report_compared_product_index
report_event

Una vez las habéis vaciado, debéis volver a seleccionar y optimizarlas. Desde phpMyAdmin todo esto se hace con solo seleccionar las tablas en cuestión y seleccionando la acción a realizar.

Vaciando todas estas tablas, haces limpieza de la base de datos llegando a ahorrar muchos MB en caso de tener muchas visitas. eso si, te quedas sin los logs.

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